http://www.ultrastar.ru/attachment/16201/Astra_H_2012.pdf

Лезть в электрику современного автомобиля не имея опыта, навыка, понимания что и как, очень черевато.... Обратитесь к профессионалу пока не поздно.

Что значит "отмыкается"? Может цз открывается? Если так, то самый простой вариант запрограммировать  функцию закрытия цз после остановки двигателя. 

Таблица 2, функция 7, вариант 3. 

Чтобы штатка не срабатывала во время АЗ, необходимо при постановке в охрану сделать имитацию открытия капота (импульс на штатный концевик). ЦЗ подключаем по аналогу. 

Работа штатного пульта управления невозможна при включённом зажигании, так заложено заводом изготовителем авто. 

Управление штатной сигнализацией - это возможность включать и выключать штатную охрану авто ( при её наличии) с помощью органов управления  Starline. 

Готов ставить ручник но не готов постоянно активировать турботаймер по кнопке

На данном авто всё прекрасно реализуется и слейв, и турботаймер.... Задавать Вам вопросы с технической стороны, как реализовано подключение не вижу смысла, едьте  по месту установки и требуйте решения проблемы в рамках гарантии.

Рекомендую на  данном авто подключать управление ц.з аналогом. Переделайте, отключив соответственно управление ц.з в кан модуле. 

В кан модуле контроль ручного тормоза активирован? 

Активировать турботаймер корректней через ручник.

В кан модуле разрешаем чтение ручного тормоза, программируем 12 >1.