8 июня решил проблему, припаяв USB провод в иммобилайзер на контакты разъёма, и напрямую к перемотанной новым проводом штатной петле. Дополнительная петля обходчика тоже была перемотана.
4 июля машина не завелась с ключа. С 5-10 раза. А с автозапуска всегда с первого раза. Вынул и проверил всю пайку, всё на месте. К тому-же, если работает автозапуск, значит вся схема работает, т.к. иммобилайзер опрашивает штатную петлю, и получает сигнал от чипа в обходчике. А с ключа не стартует. Для исключения запутывания иммобилайзера, в провод между дополнительной обмоткой и обходчиком врезал разъём. И будучи разомкнутым, с ключа не заводится.
И что примечательно, опять ровно через месяц.
Что делать?

Не понял, где логика. Машина была новая, меньше суток после покупки, поставленная под установку сигнализации, и в каждом случае её сбоев я обращался только в ту-же самую контору. Теперь Вы предлагаете мне сгонять из Смоленска в Москву и за свои деньги восстановить работу иммобилайзера? Простите, если я не верно Вас понял. Машине и установленной сигнализации всего пять месяцев.
И после восстановления, где гарантия, что не будет всё тоже самое?

Здравствуйте Олег.
Чуть выше я уже писал, что с одного родного ключа были сделаны два дубля у частника, рекомендованного БошСервисом, со стеклянными чипами. Один из них был уложен в обходчик, другим я пользовался. И примерно через месяц машина перестала заводиться и с автозапуска и с ключа. Т.е. ровно то, что было с родными ключами, после первой установки. Чипы из родных ключей были выломаны установщиком, и авто-дилер пошлёт меня в сад.

Съездил в "Автостиль". Установщик Владимир снял дополнительную петлю 7-8витков, намотанную на штатную. Они считают что вся проблема в проводе идущем к петле. Я восстановил провод от штатного блока до штатной петли, сверху одел экран-оплётку, который касается "земляного" провода, и обернул ещё одним слоем фольгированного экрана. Т.е. мы исключили обходчик с автозапуском. Но машину могу завести только вставив дублированный ключ с чипом в снятую штатную петлю, а замок проворачиваю родным ключом. Заводится с неопределённого раза, может с первого, может с тридцатого. Такое ощущение, что с течением времени катушка "видит" чип всё слабее и слабее. А после каждого посещения Боша, там естественно скидывали клему для работы, и после запуск работал какое-то время.
Сейчас скинул клему с аккумулятора, может это поможет хоть на время. И хочу описать свою проблему на этом форуме

Спасибо Олег, завтра созвонюсь.

Опять машина заводится с 3, 5, 10 раза.
В крайнее посещение Бош сервиса, вроде решили проблему дублированием обоих чипов. Установщик Виталий перед установкой чипа в петлю выламывал его , оставляя ключ клиенту для удобства, хоть и без чипа. Так вот, он обнаружил, что чип в петле имеет трещину, поддев которую откололся кусочек и чип вообще перестал видеться иммобилайзером. В другом ключе чип тоже выломан и вложен на сырую резину или что-то типа этого, и запускает машину с 5-10 раза. С этого, ещё рабочего чипа сделали копии в мастерской, и копию чипа установили в обходчик, а вторую копию в новый ключ. Сразу после изготовления копированных чипов и с ключа и с автозапуска машина заводилась нормально. А со штатного ключа с вставленным родным чипом, машина могла завестись с 5-10 раза. Спустя примерно месяц и автозапуск стал заводить машину не всегда, и с дублированного ключа с 5, 10, а то и с 20 раза.
Иными словами, родной ключ с выломанным и вставленным чипом, копия этого ключа, и автозапуск уже месяц как заводят машину с неопределённой попытки.
Я не знаю что делать

Докладываю - с ключа машина тоже не завелась. Потом проделывал процедуру по совету установщика. Поставил на штатную, снял и заводил с открытой дверью. Завелась. Позвонил в Бош и описал ситуацию. Опять говорят - приезжайте. Предлагают опять искать проблему или снять сигнализацию!!!
В четверг у меня запланирована командировка в Гагарин, Вязьму, Сычёвку. Если я там не смогу завестись, кто повезёт меняя оттуда с сотрудником?!
Скажите пожалуйста, как решить эту ситуацию один раз и навсегда. Или она в принципе не решаемая?
Завтра буду писать претензию с заявлением на возмещение средств потраченных на буксировку машины из области до сервиса, и поездки на такси в сервис и из сервиса.

Сейчас попытался дистанционно запустить машину. Не завелась!!! Если и с ключа не заведётся, в офис Ваших установщиков в Бош Сервисе я приду с "огнемётом"!!!

06.03.2015 после работы приехал домой и оставил авто во дворе подготовленным для автозапуска. 09.03.2015 нажал кнопку для дистанционного запуска и после необычно долгого ожидания, получил подтверждение запуска двигателя. По ощущениям двигатель завёлся с 3 или 4 попытки. Через 10 минут с пейджера заглушил двигатель. Вышел к машине и опять нажал дистанционный запуск. Слышу, как каждый раз включается бензонасос и стартер крутит двигатель около 4 секунд. (зачем так долго? раньше было 2 секунды) Но после 4 попыток двигатель не завёлся. Снял с сигнализации и ключом завёл двигатель с пол-оборота. И потом в течение дня 09.03 и сегодня, 10.03 - двигатель без проблем заводился с пейджера и с ключа. 
Меня пугает эта тенденция. В прошлый раз всё начиналось именно так.

26.02.2015 позвонил приёмщик и договорились, что 27.02 я оставлю им машину для опытов. Вечером позвонили и сказали что всё сделали. При встрече приёмщик сказал, что "всё-таки причина в микротрещине в установленной ими петле обхода,  которая образовалась (внимание!!!) от перепада температур."
Я очень усомнился в этом, напомнив, что особых перепадов в этом году не было. А если комплектующие такие чувствительные к перепадам температур, как они проходят сертификацию для России, где температуры бывают, даже у нас в Смоленске, до -35°С ?
Установщик сказал, что дефект был в первой петле, а когда он менял её на другую, там тоже образовался дефект во время установки, что-то треснуло в разъёме (с его слов).
Так-же хотелось-бы упомянуть о способе поиска неисправности на прошлой неделе, когда была попытка "повесить всех собак" на штатную петлю.
Установщик щупами тестера одной рукой удерживал контакт на местах пайки петли, а другой пошатывал петлю и естественно, контакт прерывался, что и предъявлялось мне как "заводской дефект", который "образовался по причине перепадов температур". Я нашёл на столе установщика подходящий к петле разъём и соединил с тестером удлинёнными проводами, которые присоединил к щупам тестера и зафиксировал изолентой, для исключения случайного разрыва цепи. Пошатывая и постукивая по петле, доказал отсутствие "заводского дефекта".
В заключение. Недостаточная компетентность установщиков негативно отражается на репутации Ваших продуктов. Сейчас всё работает, как и должно, и штатный иммобилайзер и автозапуск.
Спасибо за Вашу помощь.