Зачем вы "в аналог" подключили ЦЗ? E96 может по кан управлять ЦЗ. На фото предложен вариант управления ЦЗ через кнопку на водительской двери, которая перестает работать примерно через 20 минут после постановки на охрану.

Попробуйте включить управление ЦЗ по кан шине. Если проблема останется, то в водительском пороге есть провода: розово/черный - откр; оранжево/черный - закр.

Если честно, то не совсем понял данную фразу:

....после глушения двигателя при открывании двери на а/з, при попытке нормального запуска...

А разве только "стартер" необходимо подключать по силе? Какого года у вас а/м?

Если подключение "по силе", а не по "кнопка-педаль", то надо чтобы сигналка не давала команду на стартер при положении селектора не в "Р". А если подключение по "кнопка-педаль", то можно в принципе выключить

да, нужен

Попробуйте в другом месте произвести подключение. 

Настройки модуля сбрось в заводские, а потом попробуй еще раз запрограммировать ключ. Должно все работать

в каком месте производили подключение кан шины?

прошивку кан ставь 4.8.0. Версия 5.0.0 может не корректно работать!!! Сталкивался уже на двух а/м, программирование ключа проходит на ура, а при АЗ а/м не заводится. Ставлю 4.8.0 и все хорошо

salen, у вас сигнализация Can, 2Can или 2Can-lin?