Я так и не понял из вашего сообщения, стоит ли мне менять схему работы сигнализации? 

В сервисном центре мне ответили так: это базовое решения для S96 в совокупности со skoda и по другому быть не может, но мы можем исправить, но для этого придется вашу сигнализацию снять, переработать подключение, установить ее обратно, и установить обходчик. 

Действительно ли, штатный ключ в машине это хуже не бывает для угонщика?  

Спасибо, для моей сигнализации возможно установить обходчик иммобилайзера с ключем внутри, чтобы автомобиль не глох?