У себя на Фортунере нашел этот провод на разьеме в кик панели водителя, при нажатии кнопки, на проводе - "масса".

Тоже верно, можно вместе в одну точку соединения на авто, если удобно

Верно.

В вашем случае имитация не нужна. 

1. Синий провод имитирует нажатие педали тормоза подавая плюс перед стартом двигателя, оранжево - фиолетовый только контролирует наличие плюсового потенциала, давая тем самым понять сигнализации что педаль тормоза нажата

2. Правильно, контролем зажигания занимается тонкий желтый провод на основном блоке сигнализации, вот его если у вас контроль зажигания осуществляется аналоговым способом, а не по CAN шине, необходимо подключить на провод зажигания в авто

3. Подсоединяются вместе синий и оранжево - фиолетовый на провод где при нажатии педали тормоза появляется плюс.Это применимо только при простой схеме когда управляющий плюсовой провод с разъема на педали тормоза один, возможно понадобятся дополнительные подключения в зависимости от того как у вас работает кнопка педали тормоза.

Штатный ключ - ключ зажигания которым вы запускаете двигатель самостоятельно, на нем есть кнопки открыть закрыть?

Нет, через телематику эти настройки недоступны, рекомендую вам посетить установщика, так как помимо настроек должны быть соответствующие подключения к вашему авто, если они не сделаны то никакие настройки этот режим не включат. Если установщик учитывал этот режим при установке сигнализации, то он вам объяснит как поставить авто на охрану с работающим двигателем

Здравствуйте, неважно с кнопки автомобиль заводится или с ключа, существует режим охраны с работающим двигателем

Попробуйте после того как остановитесь, не включая Паркинг приоткрыть водительскую дверь и после перевести рычаг КПП на паркинг. После этого светодиод на сервисной кнопке должен загореться, выходите из авто и ставите на охрану, если звуковая индикация подключена, то услышите один сигнал сирены и авто встанет под охрану. 

Есть еще нюансы по реализации этого режима на вашем авто, но это вам уже должен обьяснить установщик который вам устанавливал S9

Для точного позиционирования авто вам необходимо подключить GPS модуль 

Сигнализация не видит включенного зажигания, проверяйте подключения