Добрый день! Прокатился в сервис. Вот результат...
Мастер приемщик долго пытался вникнуть в чем проблема, после этого я предложил продемонстрировать проблему. Когда мы подошли к машине, то она как ни в чем ни бывало говорит: ну закрывайте машину, пусть ключи внутри. Я наотрез отказался и в сидя в машине все продемонстрировал. Сказала, что около часа займет, но по ее мнению все так и должно работать :)
Ушел, через 2,5 часа не выдержался и вернулся в салон, где мне сказали, что они не смогли повторить ситуацию и попросили за диагностику 1300 р. Я спросил, не издевается ли она на до мной, после чего она вспомнила, что я ей показывал ситуацию. Пришлось, идти к электрику и ему все показывать. Он сказал, что так оставлять ключи в машине не корректно. Нужно, как в инструкции: поставил на ручник, открыл дверь, нажал коротко кнопку 2, прослушал сигнал, вытащил ключ, закрыл дверь, поставил на охрану. Однако, он также согласился, что открыть машину все равно должен быть способ в любом случае. Повозился еще где-то 40 минут, сказал, что победить замки не удалось, показал, как подключено(все по инструкции), как работает, в общем-то пояснил, что подключено верно, но такова особенность данной машины. В результате, он настроил дополнительный канал на открывание дверей в любом случае, правда при этом срабатывает сирена, но зато всегда можно попасть в машину. Что лично меня обрадовало. Денег в результате не взяли, все показали, рассказали, донастроили дополнительные каналы. Провели диагностику на ложное срабатывание замков(ничего не показало, ну я все-таки думаю, что случайно нажал в кармане).
В общем-то, цель достигнута. Сейчас пользуюсь стандартной функцией постановки на охрану с работающим двигателем и есть резерв, что меня успокоило и обрадовало.
Всем спасибо за ответы и советы! 

Романыч, моя задача заставить установщиков исправить проблему и не принести еще какие-нибудь. Ругаться буду, только если они мне скажут, что ничего делать не будут или все за мой счет.
Обидно, то, что это официальный дилер меня так подставил, а ехать до них 300 км.

Ларин, добрый день! Нет, я все эксперименты проводил непристегнутый. К тому же, когда я вышел из машины, я отстегнул ремень.

Я сам несколько удивился. Да с ключом в замке что-то не то с сигналкой происходит, причем только если выполнил программную нейтраль. 
Всем спасибо! Завтра поеду в сервис, потом отпишусь, чем закончилось...

ЗЫ: Буду с ними ругаться, если что... из-за них почти 10 тыс потерял...

Романыч, проводил эксперименты...
1. завел с автозапуска, сел в машину, вставил ключ, поставил на охрану, снял с охраны, открыл-закрыл дверь, поставил на охрану, снял с охраны. Никаких проблем всегда двери разблокируются одновременно со снятием с охраны.
2. завел с ключа, поставил на охрану, снял с охраны, открыл-закрыл дверь, поставил на охрану, снял с охраны. Все хорошо.
3. проехал, поставил на ручник(ключ в зажигании, машина работает), подождал пару секунд, открыл-закрыл дверь, поставил на охрану(замки закрылись), снял с охраны, замки не открылись, но с охраны снялось

Федор, привет! Да это нормальный вариант. Но я был далековато(хорошо, хоть не в лесу), ну а кроме того второй ключ зашили в сигналку, а дубликат еще не пришел. В общем-то, задавая вопрос я хотел удостовериться, что это косяк установщиков. Послезавтра к ним еду и мне нужно как-то аргументировать, если они вдруг будут отказываться исправлять ситуацию.

Никто не знает?