Делал два фортунера с ключом и с кнопкой. Штатные концевики капота были у обоих. Не думаю что комплектация другая.

Срабатывает штатка потому что в прошивке кана нет управление штатной системой охраны. В данном автомобиле это лечится снятием разъёма у штатного концевика капота.

Прошивку блока обновить не пробовали?