Your comments

И что? Даже если так. авто не в охране, заведен кнопкой штатно ,авто начинает движение . светодиод сигнализации загорается, сигнализация дает сигнал на глушение . 
и не только заблокировались, но и авто засыпает и нет разряда АКБ.
программируемый импульс при снятии охраны и при выкл зажигания..

 тогда уж синий программировать импульс при постановке на охрану для закрытия и проверять идет импульс повторно в охране или нет, а зеленый открытия на концевик водит. двери.
Ставил и С.Л А91 и Томагавк 9.5 сигнализации клиентов, согласен надо немного мудрить, чтоб корректно работало импульс на кнопку, отключение иммо с задержкой и снова импульс на кнопку для выкл .АСС ,  импульс на водит. концевик не подойдет ,Ц.З откроет двери , по поводу багажника-если управлять Ц.З кнопкой салона он закрыт., чтоб не было рассинхронизации тоже доп. схема.
Оранжево-фиолетовый, это запрет запуска по плюсу.
По любому отследить нужно, пример, приехал клиент с просьбой установить свою сигнализацию, авто Калина новая, подключил на общий провод концевиков дверей, при запуске дает запрет и на брелке ни чего не сообщает, отследил светодиодом при вкл. зажигания проскакивает минусовой сигнал по дверям, сигналка дает запрет на запуск, но не дает информации из-за чего ,переподключил развязав диодами отдельно, все ОК.Сигнализация ФлешПойнт
Описано, что ручник видит наоборот, для этого и инвертировать.
Да, забыл, инвертируйте сигнал транзистором (чтоб утечки не было), как я понял вы установщик начинающий.
Так в чем же дело? Инвертируйте сигнал ручника. На Лифан ставил запуск, особых проблем не было, а так запомнил бы.
В основном - это как? поподробнее.