А на узкой картонке-памятке смотрели? Там вроде должно быть.
Серии по Три вспышки - это включен АВТОЗАПУСК двигателя. Раньше не замечали, потому что  автозапуск включен не был...

Ну извините - мне отсюда не видать - ГБО какого поколения у Вас установлено. А знаю я не только о нем, родимом, но еще о много чем, касающемся автоэлектрики... А в своем обращении Вы вообще ничего не написали, кроме заголовка, ИЗ КОТОРОГО МАЛО что можно понять и можно только предположения строить...
Поэтому ОБИЖАТЬСЯ и СЕРДИТЬСЯ НЕ НАДО. Задали бы свой вопрос СО ВСЕМИ ИСХОДНЫМИ данными - получили бы точный и грамотный ответ СРАЗУ. А так , приоткрывая завесу тайн постепенно - будете получать ВАРИАНТЫ решений постепенно, долго и мучительно...
 И я предложил Вам решение - принудительно переводить работу мотора НА БЕНЗИН перед покиданием автомобиля И не за секунду, а ЗАБЛАГОВРЕМЕННО, чтобы контроллер двигателя успел понять - что ему ждать В БЛИЖАЙШИЕ ПУСКИ мотора  бензин, а не газ... Это самое простое решение без капиталовложений в Вашей ситуации...
Ну или реализовывать решение, предложенное Виктором Самойленко на базе ТАЙМЕРА MEGUNA с принудительной отсечкой стартера по появлению зарядки (по контрольному сигналу генератора) - городить дополнительную схемку.
Вот только открытым остается вопрос - что на это скажет СТАРТЕР? Я про время вращения БОЛЕЕ 4 секунд.. Особенно в мороз при застывшем масле в поддоне (какое-бы они ни было жидкое по маркировке)... Пойдете по этому пути - следите ПОСТОЯННО за здоровьем аккумулятора, натяжкой ремня генератора и его работоспособностью, затяжкой клемм и проводов, особенно перемычки между кузовом и мотором и исправностью самого стартера.

Есть еще одно решение. Но насколько оно реализуемо - сказать может только специалист Ультрастара. Если это возможно технически, то НАДО "перепрошить" мозг сигнализации на более современную прошивку, у которой  МАКСИМАЛЬНАЯ прокрутка стартера 6 сек. Предлагаю дозвониться в ближайший сервис-центр Сервис-центры
Кликаем по галочке справа от ВСЕ ГОРОДА, выбираем подходящий, кликаем по нему, затем по НАЙТИ, дозваниваемся. просим связать с техническим специалистом, излагаем СУТЬ ПРОБЛЕМЫ, не забыв про особенности  - установленное ГБО и задаем вопрос - ВОЗМОЖНА-ЛИ перепрошивка процессора основного блока под самую последнюю версию ПО ( ту, что с прокруткой стартера 6 сек?)
В любом случае - УДАЧИ в решении проблемы.

"перепрошивка" коснется только CAN-адаптера. И вы сможете её осуществить при условии, что
1. сможете найти главный блок и вытащить (при отключенном питании) CAN-плату
2. на плате есть микро-USB для подключения к компьютеру
И главное - эти действия помогут только при условии, что дело именно в неподходявости ПО текущей версии CAN-адаптера, стоящего у вас на борту к вашему автомобилю.

Машина похоже с кнопкой СТАРТ/СТОП. Не исключено некорректное подключение цепей управления запуском мотора и/или настройки. Лучший вариант - обратиться по месту установки для устранения их недоделки...

1.Которую температуру Вы смотрели? Салона или двигателя? Это показывал брелок? 
2. Вы уверены, что соответствующая функция в настройках второй таблицы АКТИВИРОВАНА?
Перепроверьте пожалуйста. Заводская настройка - ВЫКЛ (4_1). Если при программировании таблицы SF функция 4 была переведена в значение 2 (на брелоке при просмотре 4_2), то
Войдите в программирование, выберите таблицу SF, проверьте значение функции 4. Если оно действительно в значении 4_2, то переведите её в значение 4_4 на всякий случай. А вот если на экране будет 4_1, то как говорится - без комментариев...
О "программировании параметров запуска" читаем  в одноименном разделе инструкции ПО УСТАНОВКЕ. 

В чудеса не верю.
1. Советую еще раз перепроверить - куда и как подключены сине-красный и оранжево-фиолетовый провода сигнализации. если фонари СТОП светодиодные, то выполнена-ли рекомендация по установке РЕЗИСТОРА между оранжево-фиолетовым проводом и массой номиналом1кОм? Сине-красный точно подключен верно к цепи ручника, а диод установлен В РАЗРЫВ ШТАТНОГО провода, отсекая приборную доску?
2. У Вас кроме Е90 еще АЛЬТОНИКА установлена. Временно ВОССТАНОВИТЕ заблокированную ею цепь в автомобиле и понаблюдайте. Не исключено, что с этой блокировкой проблемы... 
3. У Вас в настройках точно МКПП? Это я к вопросу о НЕСБРОСУ программной нейтрали при сбое запуска. Что-то подозрения на Альтонику крепнут...

Придется искать методом исключения...

Дело может быть в том, что при подключении оранжево-фиолетового провода к проводу ручного тормоза не был установлен диод в разрыв штатного провода, как этого требует инструкция по установке (там об этом есть, но кто их читает - эти толстые книжки...) подробности - тут Подключение к ручнику

Это наиболее частая ошибка, из-за которой происходят такие "непонятки" с автозапуском.

Делал несколько УАЗ-ПАТРИОТов. Нет там никаких проблем с запуском мотора НА БЕНЗИНЕ. Надо задавать задержку (ДИЗЕЛЬ 4 или 6 сек - читай выше) И ВСЁ изумительно заводится при грамотном контроле  через 2-3 оборота коленчатого вала. не более. Никаких 6 сек!!! Даже полутора секунд не крутит до успешного запуска. Может быть надо поступать ПРАВИЛЬНО? Как и предписывает инструкция по использованию ГБО в холодное время года - ЗАВОДИТЬ МОТОР НА БЕНЗИНЕ? А чтобы это успешно делала и сигнализация - ОТКЛЮЧАТЬ газовое оборудование, переводя мотор нА ПРИНУДИТЕЛЬНОЕ ПИТАНИЕ БЕНЗИНОМ уже ДО ВЫХОДА ИЗ автомобиля ПЕРЕД ДЛИТЕЛЬНОЙ (особенно НОЧНОЙ) стоянкой?
Может есть еще какие ТАЙНЫ (кроме ГБО), о которых  пока нам не известно?

Для чего не хватает? Для запуска мотора? А ключом когда заводите - Вы сколько времени крутите? Предлагаю в настройках запуска (вторая таблица в функции 10 задать дизель 4 сек задержки или даже 6 сек задержки.ДЛЯ ЧЕГО, если у Вас бензинка? Для того, чтобы бензонасос успел накачать бензина в рампу и форсунки ПШИКАЛИ в цилиндры туман бензина под давлением, а НЕ  пИсали струйками... На отечественных машинах помогает. Ну и контроль ЗАПУСКА МОТОРА сделайте ХОРОШИЙ. Лучше ТАХО. Если же у вас и ключом машина заводится С ТРУДОМ и при долгом вращении стартера, да еще с поигрыванием педалью газа, то РЕМОНТИРУЙТЕ электронные системы двигателя. Он должен заводиться ключом С ПОЛОБОРОТА. Тогда и сигнализация его будет тоже заводить без проблем.
Если я вас неверно понял, то опишите свою проблему поподробнее...

Тревога по дверям возможна при НЕКОРРЕКТНОМ подключении к проводке автомобиля. Вы уверены, что контроль дверей по CAN? Может все-таки АНАЛОГОВОЕ - проводами?  Дело в том, что могли быть допущены ошибки с подключением...

И еще - могли допустить ошибку С РАСПОЛОЖЕНИЕМ основного блока сигнализации. если АНТЕННА GSM, нарисованная на основной плате блока НАПРАВЛЕНА не за пределы автомобиля, а как раз вовнутрь салона, а на пути распространения её радиоволн есть ПОБЛИЗОСТИ МЕТАЛЛ (например усилитель жесткости - поперечная труба), то при работе GSM  он будет создавать помехи, ВЫЗЫВАЯ ЛОЖНЫЕ ТРЕВОГИ по зонам двери/капот/багажник. Чаще всего именно ДВЕРИ...
Есть и еще ряд тонкостей и особенностей при установке сигнализаций С ПРОГРЕВОМ на современные автомобили. ОСОБЕННО при использовании CAN.
Настройки SLAVE - это отдельная тема. Вам уже верно написали - все должно быть НЕ ТОЛЬКО ВКЛЮЧЕНО в ТРЕХ МЕСТАХ: CAN, основной блок и брелок, но и ВЕРНО НАСТРОЕНО под ваши хотелки И ВОЗМОЖНОСТИ автомобиля в этом плане...
Эти нюансы ОПИСАНЫ в инструкции по установке. Но кто их читает - эти толстые и занудные книжки... Как правило этим "страдают" ГРАМОТНЫЕ НЕЗАВИСИМЫЕ УСТАНОВЩИКИ. Потому что для них КАЧЕСТВО и НАДЕЖНОСТЬ - залог неиссякания потока желающих установить сигнализацию ИМЕННО У НИХ. У всех остальных  - другие приоритеты...
Подозреваю, что решить ВСЕ Ваши проблемы по интернету мы не сможем. Тут без ВМЕШАТЕЛЬСТВА специалиста ВЖИВУЮ не обойтись. Что-то удастся просто перепрограммировать, настроив, как надо. А вот для победы над кое-чем ПОТРЕБУЕТСЯ переделка монтажа/подключений.... Но делать окончательные выводы можно только ОСМОТРЕВ "пациента" ВЖИВУЮ...