AS96 перестали работать сразу 2 метки.На телефоне ключ работает.

Добрый вечер.

Метки перестали работать после сопряжения системы и смартфона, верно? 

Добрый вечер. Нет,всё работало.Пришел в машину,сел,сработала сигнализация. Пробовал отключить кнопкой метки,не сработало. Вторая метка тоже. Работает только с телефона. Батарейки хорошие 3.0В и 3,3В.

Напряжение элементов питание - не показатель. Оно может проседать при работе метки.

Рекомендую заменить элементы питания. Если результат не будет положительным, пожалуйста, зарегистрируйте BLE-устройства повторно по инструкции.  

Утром ещё раз решил поверить и всё работает.Вопрос,в чём была причина? Не заглохну где-нибудь на трассе из-за такой неисправности?

У нас отсутствует информация о ваших действиях. Если ситуация повторится, рекомендую отключить в телефоне Bluetooth, затем попробовать проверить связь с меткой.