Your comments

Датчик температуры двигателя уже меняли

Проверить места соединения кабеля датчика температуры, Возможно при прокладке кабеля его разрезали, затем соединяли. Плохой контакт влияет на повышение показаний датчика.

Запрет снятия с охраны любым способом при отсутствии метки пробовали?

Проверить - нет. Надежда только на память.

P.S. Хотя проверить можно попыткой запустить с брелока.

Подъехали, нажали тормоз, не трогая ручник выключили зажигание, подняли ручник, отпустили педаль тормоза, вышли из авто.

В таком порядке заглохнет сразу при повороте ключа.

Если уж взяли StarLine s96, то для авто ваших годов (Т5) прошивка отсюда: https://can.starline.ru/43/41/7086

или https://can.starline.ru/43/41/7095

Подходя к машине сигнализация видит метку и снимает с охраны. Соответственно, с приложения я ЗАКРЫВАЮ замки и ставлю на охрану.

Ну так в чем проблема, если у Вас всё открывается и закрывается?

Настройка свободного канала никак не может повлиять на работу запуска. Если подключали так как пишете, то все правильно, если схема с НР реле, однако реле будет кушать АКБ если авто будет просто стоять не на охране. Есть схема для управления магнитолой без реле, при активном канале ток мизерный. Либо реле подключить как НЗ с управлением от розового провода (отключение магнитолы на автозапусках).

Индикация ручника появляется при опущеном ручнике, не знаю правильно так или нет.

Правильно.

Был вопрос при SF 12=3 после затягивания ручника при работающем двигателе загорается ли светодиод на антенне?

Как я понял Вы так и не ответили. Так что со светодиодом?

при попытке постановки в охрану при незатянутом ручнике срабатывает сигнализация и сирена начинает кричать.

На брелоке при этом что индицирует?

Пробовали через приложение при заведенном двигателе закрыть и открыть?

ЦЗ по КАН работает и при включенном зажигании на таком авто.

На автозапуске магнитола работает?