Заглушить из приложения не проблема, только сначала нужно перевести машину в режим охраны с работающим двигателем.

Разный размер говорит как минимум о различии формата прошивок.

Ответьте лучше, у Вас не было проблем с затрудненным запуском этой машины (дизель) после работы турботаймера на 6 поколении? До 6 поколения стояла b95 ²can+lin - проблем с турботаймером не было, после установки s96 пользоваться турботаймером стало невозможно.

Повторил эксперимент: Отключил GPRS 00550#, снял с охраны, проехался, поставил на охрану, включил GPRS 00551#. Команда выполнена
GSM:28(T). Треков и оповещений за периоды отсутствия связи не появилось.

Прошивки can 6 и 3/4/5 поколения отличаются размером, соответственно это разные прошивки, хоть и с общим номером версии.

Что имеется в виду под перепроверить снова? Сделать поездку с выключенным GPRS? Треки и события ещё не прогрузились. 

Я видел описание https://can.starline.ru/28/20/6814, но до внесения изменений работала на открытие/закрытие.

2can-lin, это старые блоки до 6 поколения? У меня проблемы с S96.

Багажник оборудован электроприводом, открывается и закрывается в предыдущей версии. Разблокируется ли кнопка не проверял.

Да, через ГЛ отправляется 2 смс. В мобильном приложении видно оповещения, когда есть интернет и не проводится обслуживание Ваших серверов, СМС от самой сигнализации более надежно.

Что не так делает система?

Не открывает и не закрывает багажник (просто мигает аварийкой и всё)