Your comments

Если не лезть в дебри, то зона багажника все же стоит под охраной! Вскроют багажник сигналка заорет в любом случае, только на брелке вы увидите что вскрыли двери. Кстати у многих универсалов штатно сделано так что все пять замков срабатывают вместе и концевики связаны между собой (за исключением двери водителя).
Старик, я подобным клиентам всегда задаю один вопрос: Зачем вам вообще нужна сигнализация, если вы свою машину заводите с помощью "отвертки", а ремонтируете "ломом и кувалдой"? :)))
Не удивлюсь этому, потому как многие яко-бы авторизированные центры умудряются "КАЧЕСТВЕННО" установить сигнализацию в течении 1,5-2 часов обходясь при этом снятием панели приборов, бардачка и  одного из порогов. А потом заглядываешь под руль и видишь Охрененную паутину из перемотанных изолентой проводов. Начинаешь задумываться сколько по России таких центров которые за 1,5-2 тыс. рублей готовы "КАЧЕСТВЕННО" установить сигнализацию за пол. дня. По моему за такую цену и за такое время просто не реально это сделать реально Качественно!!!
Попробуйте проверить сигналку в снятом состоянии. Для этого нужно подключить только питание сигнализации (+/-), провод контроля педали тормоза замкните на минус, сирену, антенный блок, светодиодный индикатор, кнопку валет, можно еже подключить лампочку 12В на один из выходов световой сигнализации, остальные провода изолируйте.
Подайте питание и попробуйте управлять сигналкой брелком и кнопкой валет. Если брелки не работают, то попробуйте их заново прописать. Если будет работать, значит у вас был косяк либо в подключении либо повреждена штатная проводка автомобиля, 
Есть один нюанс с родным ключем.
Если поставить машину на охрану брелком а потом нажать кнопку закрытия дверей на родном ключе пульте то то с брелка двери уже не откроются. 
По брелку  можно определить положение двери (Закрыта или распахнута), об этом говорит черная иконка двери на машине. А вот вот закрытый-открытый замочек в левом углу брелка говорит о том с сигнализация дала команду на открытие закрытие замков дверей! Скажем так: если у вас сгорел предохранитель на центральный замок то при постановке на охрану, сигнализация проконтролирует все зоны (двери.капот. багажник) , даст команду закрыть замки и поставит под охрану все зоны. На брелке вы увидите иконку закрытого замка, однако физически замки останутся открытыми!!!
И еще один момент, вы говорите что переставляли от другой рабочей сигнализации блоки. Вы их переставляли поочередно или заменили все разом (Основной блок, антенный модуль с брелками).
Дело в том, что если поменять только один какой-нибудь блок (Либо основной, либо антенный), то обязательно нужно заново прописывать брелки иначе сигналка их не увидит.
И еще, в процедуре экстренного снятия с охраны очень важно чтобы сигнализация видела концевики дверей (в частности водительской) и положение ключа (включено-выключено зажигание). Если чего-нибудь она не видит то экстренно кнопкой валет с охраны машину не снять.
А при открывании двери в режиме охраны сигнализация срабатывает? (габариты мигают?)
Вопросы такие:
1. По морганиям светодиода реагирует ли на нажатие кнопки валет?
2. Приходит ли сигнал на брелок при срабатывании тревоги? (к примеру при открытии дверей) 
3. Если в режиме охраны открыть водительскую дверь то видит ли открытую дверь? (на брелке должна отобразиться)
4. Что конкретно переставляли от другой сигнализации?
5. После чего произошел такой глюк с сигнализацией?
Свет может не гаснуть из-за неправильной (или не выполненной) диодной развязки концевиков дверей.
Зеркала не складываются по другой причине - Ключ пульт дает свой сигнал блоку управления ЦЗ, а тот в свою очередь управляет замками и другим оборудованием. Цепи управления ЦЗ от сигнализации подключаются к двери водителя, поэтому при постановке на охрану и закрывании замков зеркала не складываются.
Если сидя в машине закрыть замки кнопкой в двери водителя зеркала же не сложатся??? Сигнализация примерно так-же управляет замками дверей!