Всем спасибо за советы. Проблема решилась сама собой. Отключил аккумулятор на ночь (заодно погонял его на зарядке). Утром поставил и всё пришло в норму. Видимо действительно был какой-то глюк. Несколько раз уже пробовал, теперь так сама не запирается.

Т.е. если светодиод сигнализации при открытии дверей мигает это еще не значит, что система их считывает? Ведь на брелоке она показывает и открытые двери и багажник, если они открыты или это не то?