Крайняя прошивка - 3.2!

Я думаю, сигнализация не видит включенного зажигания и встает на полную охрану. От вибрации двигателя срабатывает датчик удара, что и вызывает тревогу. 
А должна просто закрыть замки.
1. Автозапуск-то вообще подключали? Корректно работает?
2. Заведите автомобиль ключом, затем сделайте на брелке опрос состояния (короткое нажатие кнопки 3).
При этом на дисплее появляется "ключик" на лобовом стекле? А "дымок" позади автомобиля?

3 раза на такие ставили. Все по аналогу. Разбирали все двери, тянули в них провода - концевики в дверях, управление ЦЗ в водительской двери к кнопке (-) через 1кОм, либо к личинке (комфорт будет, сопротивление другое,  не записано), концевик багажника с плафона освещения багажника. (Все концевики через 2 диода).
Повороты - на монтажном блоке (4 цепи поворотников - через диоды).
Да и замок зажигания на нем "непростой" - электронный подрулевой модуль.
Если автомат и стоп-сигналы светодиодные - нужна будет подтяжка, иначе педаль тормоза видеть не будет.
Уходит на такой автомобиль целый день.

Сейчас когда открываешь с иммобилайзера

Под иммобилайзером Вы имеете ввиду штатный ключ-брелок от автомобиля?
Сдается мне, КАН отвалился. Либо выдернули разъем из блока сигнализации.

пока никто ничего не трогал и не было пройдено первое ТО) все работало как должно было работать

Может в этом и есть причина? Возможно на ТО отцепили провод, котрый им "мешал".
В любом случае, я бы советовал использовать вариант 4 "контроль по сигналу таходатчика".
Серо-черный провод сигнализации подключить под капотом в жгуте на Блок управления двигателем.
Фиолетово-синий, фиолетово-зеленый, фиолетово-красный любой на выбор.

Недавно встречались с таким же "косяком" на Hyundai вроде.
Откатились на ПО vK7. Проблема решилась.

Сначала закрывается ЦЗ, затем глохнет двигатель, и ЦЗ открывается. Верно?
Какая версия ПО основного блока сигнализации? 

Включите SF 7-3 "Запирание после остановки"

На блокировку бензонасоса используйте черно-красный провод (он изначально для блокировки и предназначен)
А на открытие ЦЗ - канал №4.

Управление штаткой включено в CAN?