Я перепроверил все провода несколько раз, и думаю если бы они были попутаны машина бы не заводилась, и показало бы ошибку зажигания?
По блоку запуска подключены только красный, желтый, синий, зеленый и черно-желтый, и проводка между двумя блоками

86+87 на плюс, 30 в блок BCM. В точности как в схеме для SKODA OCTAVIA 2013-16 м.г. АКПП

Да, 85. В колодке он имеет черный цвет. И, как я понимаю, раз оно все работает при подаче сигнала через гибкую логику, то реле подключено верно

Я проверил мультиметером провод, подключил 1 клемму мультиметера к минусу, вторую к плюсу, в момент запуска ничего не получил.
После чего использовал гибкую логику.
1 программа: при включении зажигания подать ВКЛЮЧИТЬ на зелено-черный.
2 программа: при включении программы 1 подать ВЫКЛЮЧИТЬ на зелено-черный с задержкой выполнения 5 секунд.
Получается я подаю сигнал на 5 секунд после включения зажигания.
В этом случае машина заводится отлично.

зелено-черный пробовал включать как "Запуск двигателя: имитация педали тормоза или сцепления".

Возможно я пропустил еще какую-то настройку? Хотелось бы все же иметь правильную настройку блока.