а к какому именно проводу подключились?

Хм, но Вы же написали в своем первом сообщении

Я написал во втором что не устанавливал сигнализацию, то есть не могу знать что подключено по аналогу, а что по шине.

А в нашем клубе принято верить джентельменам НА СЛОВО.

Ибо если Вы сохраняли ВСЕ настройки, то должны были и настройки CAN-адаптера сохранить.

Настройки блока сохраняются и файл (что и сделал), но настройки кана в файл не сохраняются (по дурости в начале обновил, а потом уже понял что настройки сбились, но как оказалось все это было на самом деле не важно)

теперь придется разбираться и с подключениями тоже, то есть разбирать машину и искать точки подключения - что-куда-как-зачем

А зачем это делать? Если 5 лет все работало как часы, а после обновления перестало?

Остался только один вопрос, я откатился на версию кана 3.9(как и было изначально) номер машины 2648, и о чудо все заработало, так по чему же на версиях от 4.4 и до 5.1.1(которая была отдельно под hyundai ix 35 start/stop с исправлениями) не работает контроль двигателя по кану?

Предлагаю прибегнуть к помощи профессиональных установщиков в своем населенном пункте ВЖИВУЮ. пока не стало хуже (например машина не перестала заводиться штатно и на ней пока можно ездить)...

Установщики и так были профессиональные, вот только тех кто ставил уже нету, ехать к другим будет по цене новой установки, хотелось решить малой кровью, тем более теперь, когда проблема нашлась.

Любое обновление что выше 3.9 нормально работает в режиме  slave (кнопки на ручках снимают с ставят на охрану, удобная штука, но 3 года не пользовался, так как постоянно говорили что нету новых прошивок, но как я догадываюсь на офф дилере не все электрики знают, что за это кан шина отвечает и она тоже обновляется).

Я так понимаю, если заводится и глохнет, то это не иммо. Стоит фортин, я его переобучил, но это не помогло. Что подключено через кан, а что по аналогу не знаю, потому как салон где делали закрылся. Есть еще вариант что контроль работы двигателя подключен по аналогу, попробую отключить его по кану.