Обратиться к специалистам.Для диагностике неисправности.

изделия надо создавать таким образом ,чтобы пользователь мог сам их обслуживать

Обслуживать то можно.

Но у сигнализации есть провода и надо знать куда какой провод подключен и соответственно его настраивать.(а у телефона проводов нет)

Мы же не экстрасенсы. 

Если Вы разберете машину, посмотрите какие провода куда подключены, то я думаю Вы сами сможете настроить.

Перегрузить систему, путем снятия клеммы аккумулятора.

Попробовать запрограммировать брелки заново.

при постановке на охрану штатным брелком

При такой постановки световыми сигналами управляет штатная плюс не штатная сигнализация.

С приложения все работает нормально.

Тут управляет сигнализация.

Если машина дистанционно заводится, то rx-tx подключены правильно. Старлайн не может управлять штатной охраной автомобиля. Необходимо при постановки и при дистанционном запуске  не дать встать в охрану штатной сигнализации.(показать открытый замок двери)

Что за машина?

Да старлайн забавно информирует о срабатывании  датчика удара.

нижний порог - слабый удар

верхний порог- сильный

Подходил к авто, ударил по багажнику, сработала сирена и на телефон пришло уведомление об ударе по нижнему порогу, ударил еще раз и опять такое же уведомление

Так и должно быть.

По другим вопросам нужно обратиться в место где устанавливали.

Что за система у Вас?

Может у Вас стоит "запрет снятия без метки", метку не увидела и не снялась с охраны.