Тут без вариантов программу писать. Например, постановка в охрану по закрытию багажника или свободные руки по пропаданию метки.

А зачем включать охрану если открыт багажник? Программы ГЛ Вам в помощь.

Просто нет никакой блокировки.

Нормальное явление, включить глушение при снятии с охраны.

на брелоке была индикация "зажигание включено" (ключик) и "не затянут стояночный тормоз." (P)

Показывает последнее состояние авто. Коротко нажмите 3 кнопку, будет показано текущее состояние. По остальному надо смотреть настройки.

Реализовать подключение функции двухшагового открытия дверей. На части автомобилей эта функция есть в штатной системе.

Да, аналогично, но может не верно определять запуск двигателя. Ищите тахо.

Проверять, писали выше, светодиодной контролькой или осциллографом. Желательно при подключенной приборке. Можно зацепить серо-черный провод к зелено-черному, запрограммировав сигу на тах, и проверить распознавание оборотов.

Блок сигрализации это не специализированный прибор(не вольтметр)и ждать от него точности нельзя. К тому же идет преобразование аналогового сигнала в цифровой и т.п. Не стоит на этом зацикливаться.

у меня проводка вся жгутах и удлинена,

То есть лишние соединения, и если на скрутках, то и лишнее падение напряжений.

нужно пере проложить +12 согласно инструкции с акума напрямую?

Не обязательно.