Your comments

Вы имеете ввиду наверное GPS антенну? Там да, только для 6 поколения должна быть.

зажигание 2 тоже по умолчанию выключается на время кручения стартером.

Пока только предположительно, что Вы подключили зажигание 2 (зеленый провод) к зажиганию 1 в машине.

Разъем в блоке сигнализации на силовой модуль переверните.

Я бы добавил переназначение входов в гибкой логике. Например в охране "капот" , на снятой охране "функция не назначена" для своих "хотелок".

электроклапан от ваз2107 системы эпхх Вам в помощь.

3 -я поставить в охрану(закрыть), 2-я снять с охраны(открыть).

Так в чем проблема управлять курсорным способом? Переводите иконку ,нажав несколько раз подряд на 4 кнопку, на иконку постановки-снятия с охраны и пользуетесь 2ой и 3ей кнопкой.

Gsm модуль в комплекте был? Или доставляли? 

Привязать модуль к сигнализации: 7 раз валет , включить зажигание, дождаться выхода из режима.( Моргание поворотников)