По пробуйте добавить программу с действием "ничего не выполнять" с отсрочкой, а уже основную программу запускать после завершения первой (событие - завершение первой программы).

Возможно,с помощью программ гибкой логики. Как у вас подключены световые сигналы?

Скорее проблема с обходом, замечал на 40ках такое. По пробуйте для теста убрать бесключевой и использовать аналоговый обходчик. Еще от короллы можно по пробовать прошивку.

При этом охрана не включится, только запрется ЦЗ. Лучше использовать алгоритм "охрана с заведенным двигателем"

+1 тоже было такое на многих вагах, гольф+, тигуан, шкода а5

А раньше работало? Такое ощущение, что подключились к штатной "силе" параллельно , а там в спокойном состоянии масса висит. И привода скорее всего в водительской двери нет. (кнопка цз есть на двери или кнопки на ключах?) 

Выключите управление  штаткой, заработает 100%

В этом у вас и проблема . Когда обучение сделано (2 пика), подключаете starline master и там нажимаете на ключик, данные автоматически отправляются на сервер старлайн и обратно вам возвращается электронная копия ключа. 

copykey сделали?