Для того что бы сделали прошивку конечно же, а не просто так) Сделаете прошивку - будет счастье и меньше модулей в мерсе, ну и счастье тем кто ездит на C/E классах того же поколения, там много чего одинаково.

Если опустить ручник не выключая зажигания и нажать на 3ю кнопку сигнализация пишет "ТОРМОЗ" на экране?

Если нет - проверяйте подключение ручника.

Как вариант проверьте таблица 2 пункт 12 Активация поддержки зажигания.

Если сейчас сигнализация работает в режиме РКПП (затягиваете ручник, выключаете зажигания, машина работает, выходите, ставите на охрану, машина глохнет) то поставьте активацию поддержки зажигания по затягиванию ручника (в таблице есть), Вариант 3.

Кстати, Дмитрий. А Вы на включенном зажигании проверяли провод датчика томоза? Если нет - проверьте, авось там +12 при включении зажигания появляется.