Без разъема пока не проверил, но изучение родного ниссановского сервис-манула и серия экспериментов показала следующее: если двери были закрыты снаружи (замыкание на массу входа lock или контактов в дверных замках), то штатный блок ЦЗ включает двойное запирание и при включении зажигания на закрытой машине открывают двери (в руководстве прямо об этом сказано и так и работает). А если машина была закрыта изнутри, то естественно двойное запирание не включается, и при включении зажигания двери не открываются. Конечно, я легко перекину синий и зеленый провода на контакты внутренних кнопок, но тогда я потеряю двойное запирание с брелка. Чего бы естественно не хотелось.
Уверен, что такая ситуация у меня не первого, что делают опытные профессионалы в таком случае?

Проверю с отключенным разъемом видимо уже в следующие выходные.
Оба красно-черных на массу, сине-черный и зелено-черный не подключены.

В Петрозаводске я так понимаю их нет.
У меня синий и  зеленый провода 6конт разъема подключены на входы Lock и Unlock штатного блока управления ЦЗ, а не к активаторам. Может быть данная проблема связана с этим?

Да. И подключения и настройки проверил и перепроверил. Устанавливал разные значения функций 2, 4, 5 таблицы 1 и функции 5 таблицы 2. Пробовал заводить с ключа при отключенной сигнализации и закрытых замках (чтобы проверить не центральный-ли замок так себя ведет, оказалось нет). Потому и не представляю куда еще смотреть.