Так может происходить,если переключатель програматора не в нужном положении стоит,проверьте

Какую версию прошивки центрального блока показывал програматор?

По первому пункту не совсем понял,в инструкции однозначно сказано
По второму-процедура постановки на охрану с работающим двигателем выполняется с открытой дверью
Вы так и делаете?

Если гибкий канал включен,то в его настройках последний пункт как раз влияет на мониторинг дверей,включите его и концевики появятся.Или вы отключили их в кан)

Вставить старую,отправить на нее 009902,после этого ставьте новую и вперед

Установщик не прав,сможете

Так и запрограммируйте по той таблице,что мешает
Только почему 4-й канал к закрыванию цз?

Подключения этих доп.каналов выполнили к нужным цепям?Или наугад по карте от кнопочной машины?

А вчем помощь нужна-в реализации функции или программировании доп.каналов?