Это да,в М-ке эта настройка в другом меню.

А Вы  не установщик??

Пробовали настроить обход в гибкой логике

А зачем?Галка "Разрешить в охране отпирание багажника при наличии метки" временно решила бы вопрос.

И будет вам счастье.

так и должно быть?

В Вашем случае так и будет.По окончании тревоги по датчику удара система из состояния "Тревога" переходит в состояние "В охране"(это видно в диагностике программы) и этот переход и обрабатывается программой 1 как событие включения.Что бы исключить такое поведение,в условии программы 1 нужно поставить "Состояние охранного комплекса/Предыдущий режим работы/Снято с охраны".

при открытии штатного концевика капота масса пропадает,соответственно приходиться тянуть тот что в комплекте с сигналкой

если есть свободные вход и выход - то нет необходимости ставить дополнительный концевик.Одной программы ГЛ достаточно,что бы по состоянию входа,подключенного к штатному концевику,включать/выключать  выход,подключенный к входу сигнализации "Концевик капота". 

Проверил вашу индикацию на своей машине-работает.Что-то сделали не так.

 пример не работает. Хотя на вкладке "Диагностика" наблюдается поочерёдное выполнение этих 2-х программ.

Значит работает.Яркость,длительность импульса-как в приведённом примере?

двигатель глохнет замки открываются и раздается два звука сирены старлайн снимается с охраны

Такой "костыль" должен помочь

Время задержки выполнения на втором скрине скорее всего можно будет уменьшить,значение 10 сек привёл для примера.

Нормально работающий продукт сделать перед выпуском в продажу не?

Это не ко мне вопрос,пусть инженер думает.А Вы не думали,что батарейка могла долгое время пролежать,прежде чем попасть в метку?