Это как раз и не пугает, главное чтобы обход заработал

Модуль именно 2can, e90 не старая, с поддержкой slave 

Я думаю есть смысл съездить туда, где ставили систему и перепроверить все подключения

не за что)

Ну тогда 100% смотрите модуль обхода иммобилайзера и петлю на замке зажигания! Проверить можно элементарно:

1, подготавливаете авто к запуску, при этом остаетесь в салоне

2, сидя в авто пытаетесь завести двигатель сигнализацией,  и если не заводиться - просто вставьте ключ в замок.

3, если машина с ключом в замке завелась - ремонтируйте или меняйте обходчик!

Попробуйте изменить время ожидания до 25-30 секунд, от версии прошивки зависит за какое время сбросятся настройки модуля, можно попробовать сделать несколько раз - если не поможет , в СЦ)

а ключи оба заводят автомобиль? 

Разберите брелок и вставьте модуль передатчика в разъем - он бывает вылетает от удара!

А61 должна подойти по распиновке

кому куда нравиться - туда и прячет! Под торпедо мест полно!